新人社労士の新田です。
36協定の届出をしても時間外労働のには限度があり1か月45時間、1年で360時間までとされています。
ただし特別の事情がある場合特別条項つきの36協定の届出によりは年720時間、単月100時間未満（休日労働含む）、複数月平均80時間以内（休日労働含む）、限度時間を超えらるのは6か月まで可能となります。
ここで注意しなければならないのが休日労働時間です。
36協定では時間外労働と休日労働は分けて考えていましたが、これは労働基準法に基づき時間外労働そのものを規制するためのものです。
しかし、特別条項付きの36協定は労働衛生安全衛生法の要請でもあるため労働者の健康への配慮から単月や平均月の時間外労働に休日労働時間も含まれるようになっています。
特別条項には「健康および福祉を確保するための措置」についても要求していますが、これは長時間労働による労働者の健康管理を徹底することが求められているためです。
